โครงสร้างการบริหารจัดการปัญหาไข่ไก่ของรัฐบาลนั้น ในยุคที่ อาจารย์ใหญ่ แห่งพรรคภูมิใจไทย เข้ามาดูแลภาคเกษตร ได้มีการแต่งตั้ง “คณะกรรมการนโยบายไข่ไก่แห่งชาติ” ที่แต่งตั้งโดย รมว.เกษตรและสหกรณ์ ตามคำสั่งกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่ 100/2547

ต่อมามีการออก ระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการพัฒนาไก่ไข่และผลิตภัณฑ์ พ.ศ. 2549 ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 2 ก.ย. 2549 กำหนดให้มี “คณะกรรมการนโยบายพัฒนาไก่ไข่และผลิตภัณฑ์” หรือที่เรียกกันเล่น ๆ ว่า บอร์ดไข่ (Egg Board) เพื่อพิจารณาการพัฒนาไก่ไข่และผลิตภัณฑ์ทั้งระบบ และกำหนดมาตรการแก้ไขปัญหาอุปสรรค เพื่อเสนอต่อคณะรัฐมนตรี ในทางปฏิบัติบอร์ดไข่จะมารับผิดชอบแทนคณะกรรมการนโยบายไข่ไก่แห่งชาติโดย ปริยาย

องค์ประกอบของบอร์ดไข่ มี 3 ส่วน คือ ภาคราชการ 11 คน เอกชน 4 คน และผู้ทรงคุณวุฒิ 4 คน โดยมี รมว.เกษตรฯ ในฐานะตัวแทนภาคราชการทำหน้าที่ ประธานบอร์ดไข่ นอกจากนี้ระเบียบสำนักนายกฯ ดังกล่าวยังกำหนดให้มี คณะกรรมการที่ปรึกษา โดย รมว.เกษตรฯ แต่งตั้งเพื่อทำหน้าที่ให้คำปรึกษาและช่วยเหลือบอร์ดไข่ ซึ่งมี อธิบดีกรมปศุสัตว์ เป็นประธาน รวมทั้งมีตัวแทนภาคเอกชน ผู้ค้า ผู้เลี้ยง เป็นต้น